W XIII wieku Świniarsko zostało podzielone na dwie części, Świniarsko Większe należące do biskupów krakowskich i Świniarsko Mniejsze będące własnością klasztoru Klarysek w Starym Sączu.
Po śmierci biskupa Pawła z Przemankowa właścicielem Świniarska zostaje jego następca, biskup Prokop. Nie jest mu dane długo sprawować posługę i umiera dwa lata później. Jego następcą jest biskup Jan Muskata.
Jan urodził się w rodzinie wrocławskiego kupca handlującego gałką muszkatołową, stąd przydomek Muskata. Ukończył studia teologiczne w Bolonii i swoja karierę w Kościele zawdzięczał królowi Czech Wacławowi II. Muskata wspierał go zbrojnie w walce przeciwko Łokietkowi. Wacław II mianował go „principis et fidelis” i sprawował rządy w Małopolsce w imieniu króla Czech. Jako jego namiestnik wydawał wiele wyroków śmierci na stronników Łokietka.
Jan Muskata jest pierwszym biskupem, który odwiedził Świniarsko. Wizyta odbyła się w roku 1295. Na tutejszym dworze doszło do spotkania pomiędzy biskupem a Pawłem Prandotą, bratankiem Pawła z Przemankowa. Negocjacje dotyczyły sporu o własność wioski Dobranowice. Ugoda została potwierdzona wystawieniem stosownego dokumentu.
Biskup Jan Muskata wkrótce dokonuje kolejnych zakupów wsi w okolicy w tym znajdującej się na prawym brzegu Dunajca przysiółka Bielowice od wdowy po rycerzu Dobku z Trzycieża za 80 grzywien.
Ze względu na swoje położenie wybrano Świniarsko na miejsce, do którego należy dostarczać dziesięcinę dla Kościoła z całej Sądecczyzny. Powstaje folwark, który ma prostą budowę i spełnia rolę bardziej magazynu niż rezydencji. Rezydencja biskupa zostaje wybudowana z drzewa cisowego w Kamienicy (Nowy Sącz) w miejscu, gdzie teraz znajduje się więzienie. Na jego terenie folwarku powstaje browar oraz młyn dla przemiału dostarczonego zboża.
W roku 1407 do administracji Świniarska zostają włączone dwie zagrody w Podegrodziu.
„My, Jan, włodarz sądecki i […]ski (?), niniejszym potwierdziliśmy przez niniejszy [dokument] wszystkim i poszczególnym, tak obecnym, jak przyszłym, że Wojciech, właściwie (?) Tatar, i Marcin Cyzyczka, kmiecie i mieszkańcy, obaj z Zawierzbia, postawieni w naszej obecności, przyznali, że sprzedali pola położone tamże w Zawierzbiu, Hanuszowi Łaziebnemu z Nowego Sącza za pewną ilość pieniędzy. Uprzednio wymienieni sprzedawcy wskazali, tak jak sami zapamiętali, że rozgraniczenia czy też granice tych mianowicie pól, [rozciągają się] od rzeki zwanej Szeglarka, i aż do łąk biskupich, i aż do płotu, który [znajduje się] od [strony] Macieja Li[s]kowskiego (?). Od tych to mianowicie pól, ten sam Hanus[z] Łaziebny oraz jego spadkobiercy, zobowiązani będą płacić kurii biskupiej w poszczególne lata sześć groszy od obu na święto świętego Marcina chwalebnego Wyznawcy te same sześć groszy i nie więcej wraz z dziesięciną snopową […] do sądu za sprawy tamże rozważane, związane z wsią biskupią zwaną Świniarsko. Na świadectwo tego zawieszono przy niniejszym dokumencie naszą pieczęć.
Działo się i dano w Nowym Sączu, w czwartek po święcie świętej Małgorzaty Roku Pańskiego 1407 […] (21.07.1407) Wraz z naszą pieczęcią.”
Na początku XV wieku, zarządcą folwarku, jak podaje Jan Długosz, jest włodarz Jan a następnie ksiądz Maciej z Buku (właściciel Niskowej). Następnym włodarzem jest Krzysztof Barański. Wieś zaludnia się przyjezdnymi, powstają aż dwie karczmy.
Nieszczęście jednych jest szczęściem drugich, w XVI wieku rezydencja biskupa z cisowego drewna płonie. Teren przejmują starosądeckie klaryski a potem pijarzy budują tam w XVIII wieku kolegium. Zapada decyzja by administrację okolicznych ziem należących do biskupstwa krakowskiego przenieść do Świniarska. Krzysztof Barański dostaje 500 florenów od biskupa Padniewskiego na remont dworu. Świniarsko, Bielowice, Kurów oraz dwie zagrody w Podegrodziu tworzą jednostkę gospodarczą „Klucz Świniarski”.